Il Museo Civico di Belriguardo, attualmente, è suddiviso in tre sezioni:
Sezione archeologica
Questa sezione è la più ricca del museo e sono esposti:

Un piccolo lotto di materiale etrusco, rinvenuto a Voghiera durante lavori privati, di IV-III sec. a.C.
I reperti provenienti dalle 67 tombe della necropoli romano imperiale di I-III sec. d.C. scavate a Voghenza. Si nota qui una buona presenza di vetri, ambre (tra le meglio lavorate dei musei emiliano romagnoli), e sardonice (il balsamario on onice del II sec. d.C. è un pezzo unico al mondo).
Sempre qui si trovano gli oggetti provenienti dalla struttura imperiale di Fondo tesoro (I-III sec. d.C.). Tra gli altri reperti si segnalano i bronzi (interessantissimo il diploma di honesta missio, di interesse nazionale).

Chiudono la sezione archeologica i reperti scavati nella necropoli bizantina di Fiondo tesoro (VI-VII sec. d.C.), con i bei pettini in osso ed avorio ed un monile in argento di squisita fattura rappresentate uno spillone con croce
Sotto al torrione d’ingresso al castello si trova il sarcofago di Claudia Januaria, liberta della famiglia imperiale di Giulio-Claudia risalente al I secolo con iscrizione mutuata da un verso di Virgilio.
Questa sezione venne ulteriormente arricchita nel marzo 2015 con reperti provenienti dal Fondo Tesoro, in occasione della re inaugurazione, nella nuova sede, alla presenza dell’onorevole Dario Franceschini, Ministro dei Beni Culturali.
Sezione Rinascimentale

Questa sezione permette di riportare il visitatore negli ambienti che erano della famiglia egemone. A testimonianza dello sfarzo rimane solo la Sala della Vigna riccamente affrescata. La sala rettangolare venne così chiamata per la decorazione del soffitto a grappoli d’uva bianca e nera (ora non più presente), rappresentando un grande pergolato. Sulle pareti laterali gruppi di cariatidi dividono gli spazi su lussureggianti paesaggi, dando all’osservatore la sensazione di trovarsi in uno spazio esterno. Questa venne affrescata nel 1537 da Girolamo da Carpi con l’ausilio di Cosmè Tura, Benvenuto Tisi da Garofalo e dei fratelli Battista e Dosso Dossi. Nella sala vi è esposta una raccolta di ceramiche ferraresi risalenti dal XIV al XVII secolo, opera di artigiani locali e rinvenute con altri materiali provenienti da una fossa di butto presente nei giardini. Vi è un plastico della Reggia all’epoca estense, eseguito dal locale Museo del modellismo storico. Nella sala trovano spazio anche mostre temporanee nonché la possibilità di eseguire conferenze.
Sezione contemporanea
Nella sala ubicata al primo piano del Torrione, vi è la Sala Giuseppe Virgili, dedicata allo scultore nato a Voghiera nel 1864 e al quale il paese ha dedicato la Sala ad inizio degli anni Novanta. Insegnante di plastica per un quarantennio all’Istituto d’Arte Dosso Dossi a Ferrara, nella Sala è esposta, tra altre opere in terracotta, gessi ed alcuni disegni, la terracotta della Ballerina, la cui versione in bronzo fu posta all’Accademia Nazionale di Danza di Roma, all’epoca diretta da Jia Ruskaja, a seguito della vittoria di Virgili al concorso del 1950 sul tema della Danza indetto dalla Ministero della Pubblica Istruzione, battendo avversari quali Fazzini, Greco e Minguzzi. Le opere esposte sono frutto della donazione fatta dagli Eredi, i figli Francesco e Annamaria, più quattro grandi statue date in locazione dal GAMC di Ferrara.

Sempre nel Torrione, la Sala al secondo piano, precedentemente dedicata alle mostre artistiche temporanee ospita dal dicembre 2016 la Pinacoteca Ottorino Bacilieri dedicata all’ex assessore alla cultura e vicesindaco fino al 2014, scomparso nel 2015 e fautore della creazione del polo museale del Museo civico di Belriguardo. La collezione ospita opere di diversi artisti a livello locale e non, mentre altre opere sono poste negli altri locali del Museo.

Nella sala che ospitava la sezione archeologica fino allo spostamento nel corpo centrale, resta la collezione della Sezione archeologia industriale con la mostra permanente delle Piccole metallurgie ferraresi, inaugurata nel dicembre 2014 con circa 150 oggetti della collezione di Alberto Cavallaroni: sono comprese lampade, lanterne, fanali, fornelli e caffettiere realizzate da ditte ferraresi tra fine Ottocento a metà Novecento, tra cui Aquilas, Orso, Stella, Simerac e Radius, ricercati anche al di fuori dell’Italia grazie alla loro qualità